Os primeiros missionários da Igreja do sul dos Estados Unidos a vir para o Brasil foram George Nash Morton e Edward Lane. Seu trabalho concentrou-se no interior de São Paulo, tendo fundado, em 1870, a Igreja Presbiteriana de Campinas. As regiões da Mogiana, o oeste deMinas, o Triângulo Mineiro e o sul de Goiás foram atingidos por outros missionários que os seguiram, dentre eles o Rev. John Boyle.
A expansão da IPB no norte e no nordeste do país deve-se ao trabalho pioneiro dos missionários da PCUSA. Dentre os muitos nomes deste período fulguram o do missionário John Rockwell Smith, que fundou a Igreja Presbiteriana do Recife, em 1878, e o Rev. Belmiro de Araújo César, um dos primeiros e mais conhecidos pastores brasileiros do nordeste.
Durante este período, a missão da Igreja Presbiteriana do norte dos Estados Unidos (PCUSA) se consolidava no restante do país. Um dos grandes eventos deste período foi a fundação da Escola Americana, em 1870, por George Chamberlain e sua esposa, Mary Chamberlain. A Escola Americana, mais tarde, passaria a se chamar Mackenzie College, chegando a ser o conhecido Instituto Presbiteriano Mackenzie, que abriga, dentre outras instituições, aUniversidade Presbiteriana Mackenzie.
Alguns novos pastores brasileiros são ordenados nesses anos, como Manuel Antônio de Menezes, Delfino dos Anjos Teixeira, José Zacarias de Miranda e Caetano Nogueira Júnior. Um dos grandes nomes, no entanto, viria a ser o do Rev. Eduardo Carlos Pereira, que se celebrizou por sua liderança, bem como por sua atuação no campo educaional, com a produção de livros didáticos, especialmente no campo da Gramática. Liderou o movimento de cisão, que cumulou-se, em julho de 1903, com o surgimento da Igreja Presbiteriana Independente do Brasil, a IPIB, filha da IPB.
Em setembro de 1888 foi organizado o Sínodo da Igreja Presbiteriana do Brasil, assim tornou-se autônoma, desligando-se das igrejas norte-americanas.
Depois da Proclamação da República, nasceu um movimento nacionalista no seio da IPB, em que pastores brasileiros se manifestaram contrários à presença intesiva e intereferência de missionários americanos (diz-se que por serem maçons), gerando um cisma que levou à fundação da Igreja Presbiteriana Independente do Brasil. Um grande líder do começo do século XX foi o pastor Erasmo Braga. O presidente da república Café Filho era presbiteriano e frequentava a 1ª Igreja Presbiteriana de Natal [5